В 1661, обаче, Луи XIV започнали жестоко преследване на хугенотите, а през 1685 той отменено Нантския едикт. Повече от 400,000 хугеноти, много от тях лидери в търговията, промишлеността и професиите, избягали от Франция.
Повечето от тях са останали у дома, въпреки преследване. През 1702 е имало бунт хугенот в планинския район на Южна Франция. Тази гражданска война продължава в продължение на няколко години, преди да се остави. Протестантите най-накрая спечели свободата на религията през 1789 г. по време на Френската революция. Те процъфтява по време на 19-ти век, но се разделят през теологични проблеми, обединяваща през 1907 г. в Националния съюз на реформираната църкви на Франция. Те се присъединиха с нестопанска калвинистки органи да формират протестантска федерация на Франция.
В Съединените щати. През 1562 и 1564 хугеноти групи направени селища в Южна Каролина и Флорида, но проектите не са успели, отчасти заради испанските атаки. След отмяната на Нантския едикт през 1685 хиляди хугеноти бежанци се заселват в английските колонии, особено Южна Каролина. 
[1] [2]