В допълнение към неговото учение, Bessey публикувани над 150 статии и рецензии. Той пише до голяма степен на субектите на суша и болести по растенията и гъбите. Той е имало интерес от примитивни местни треви и растения. Двама от неговите документи, "Еволюция и класификация" (1893) и "филогенетичното Таксономия на цветните растения" (1915), са семенните произведения. По искане на издател и настояване на Грей, Bessey пише учебника ботаника за Средни училища и колежи (1880), с която се въвеждат нови области на изследване. Втората му книга, Най-важното на ботаника (1884), е по-малко технически и станаха най-широко използваните ботаника текст в Съединените щати. Bessey е и ботаническа редактор в продължение на две водещи списания, American Naturalist (1880-1897) и науката (1897-1915).
През юни 1884 г. Bessey остави Iowa да приеме позиция като професор по ботаника и декан на Industrial колеж (което включваше училището на селското стопанство) в Университета на Небраска. Когато Bessey пристигна, не е имало програма в ботаниката, но той изгради солидна програма, която включва лаборатории с микроскопи и екскурзии. Докато в Небраска, той построил хербарий и ботаническа жилища библиотека литература. Bessey служил като декан на колежа от индустриално 1884-1888 и от 1895 до 1909 г. От 1888-1891, той заема поста на двойно действащ ректор и декан на Колежа по литература, наука и AREMD. През 1899 и 1907 г., той отново служи като действащ канцлер.