В Университета на Чикаго, Lynn срещна Carl Edward Сейгън, тогава студент завършил във физиката, който да би последния Станете известен астроном и писател. Маргулис завършва либерална изкуства през 1957 г., а тя и Сейгън женен Това юни. Те се премества в Медисън, Уисконсин, където тя спечелил си магистърска степен в областта на науката в зоология и генетика от Университета на Уисконсин през 1960 г. E <р> Тя и Сейгън следващия премества в Калифорния, където Маргулис Получени докторска степен от университета на Калифорния в Бъркли през 1965 г. По това време, брака си с Сейгън е приключила, и тя се премества в Масачузетс с двамата си сина. E <р> Margftlis преподава в Бостънския университет в продължение на 22 години, от 1966 До 1988 г. Нейният втори брак, да Thomas N. Маргулис, а кристалографите, продължило от 1967 г. до 1980 г. Двамата имат един син и дъщеря. От 1988 г., Маргулис преподава с отдела по ботаника в Университета на Масачузетс в Амхърст. E
В Graduate School, Маргулис заинтригува Възпроизвеждането Това участва генетичен материал не се срещат в ядрото на клетката, но в ITS цитоплазмата, Което е цялата материал в мембрана на клетките, различна от ядрото. В началото на 1960, Маргулис и други изследователи, представени доказателства за Genes в хлоропласти, Специализирани структури в клетките на растенията. E <р> Маргулис фокусирани върху симбиоза, която е научен термин за две различни видове организми, живеещи в тясно сътрудничество, по начин, който ползи най-малко един от видовете. Примери за симбиоза са вид на малка рибка, която се почиства Паразити от много по-голяма риба, или гъба, която расте върху кожата на лицето. М