<Р> През 1965 г. армията осуетен опит от комунистите, за да се възползват от контрола на правителството. Около 300,000 комунисти и дисиденти са избити в армията репресии. През 1966 г. Сукарно, обвинен от много индонезийски лидери на които са свързани с опита за преврат, бе отстранен от ефективен контрол на правителството на генерал Сухарто и армията. Сукарно остана президент фигурант, докато принудени да се пенсионират през 1967 г. Сухарто пое председателството. Под неговото управление, инфлацията е била проверена и финансовата стабилност е постигната. Постигнато бе споразумение за мир с Малайзия през 1966 г., и Индонезия възобновено седалище на ООН по-късно тази година. През 1971 г. в страната се проведе първото за парламентарни избори от 16 години насам. През 1973 г. е преизбран за президент Сухарто.
индонезийските войски влязоха бившата колония на Източен Тимор Portugual през 1975, за да се предотврати независимостта търсещи бунтовници от придобиване на контрол върху територията. Войските убити кое тридесет на сто от населението тиморската East между 1975 г. и 1976 г., когато те приложен земята. Сблъсъци между бунтовници и индонезийските сили продължиха през цялата 1980-те и 90-те години. През 1999 г. East тиморци одобри референдум за независимост. Около 2000 души са били убити от индонезийските милиции следните гласуването. Индонезия изтегля своите сили от три месеца по-късно.
<Р> Междувременно Сухарто изразходвани 1970-те и 80 модернизиране на икономиката, а наложената репресивен диктаторски режим. До 1990 Индонезия имаше една от най-бързо развиващите се икономики в света. Позиции на властта бяха пълни с приятели на Сухарто и членове на семейството, много от които стават много богат. Когато икономиката изпадна в дълбока рецесия през 1997 и 1998 г., масивни улични протести разрушават Джакарта и няколко други градове. Сухарто бе обвинен в кражба на близо $ 600 милиона от държавата и принуден да подаде оставка. Той беше заменен от вицепрезидента BJ Habibie.
<Р> През 1999 г. наплив на имигранти-мюсюлмани към Moluccan острови (или Spice острови) в източната част на Индонезия доведе до борба между мюсюлмани и християни в които бяха убити повече от 5000 души .
В края на 1999 г., Абдурахман Уахид стана първият
