<Р> През 2002 г. повече от 190 души са били убити, когато терористична бомба се взриви в Бали.
През юли и септември 2004 г., Индонезия проведе първото си пряко президентски избори. Не кандидат получи мнозинство от гласовете на първия тур. След втория кръг, пенсиониран генерал Сусило Бамбанг Юдхойоно спечели изборите, побеждавайки Megawati.
<Р> Основен цунами, причинено от земетресение подводен извън Северна Суматра загинаха повече от 100,000 жители на острова през декември, 2004 г. След цунамито отношенията между индонезийските правителствените сили и независимост, търсещи бунтовници започнаха да се успокои в района на Ачех. През август 2005 г., двете групи подписаха мирно споразумение. Аче е била предоставена по-голяма автономия (самоуправление) от парламента през юли, 2006 г. бяха проведени избори в региона през декември на същата година.
<Р> През 2006 г. природните бедствия убити няколко души в Индонезия. Повече от 5800 души са загинали на остров Ява, когато силно земетресение удари през май. През юли, над 600 души са били убити, след като цунами се разби в Java. През 2009 г. е преизбран Юдхойоно.
