<Р> През 1988 г. Уотсън стана асистент-режисьор, а година по-късно директор на Националния център по проект на Националния институт по здравеопазване на човешкия геном (NIH ). Докато надзора на проекта, той заделени малка част от средствата за изучаване на етични въпроси, произтичащи от констатациите на проекта. През неговия мандат, Watson имаше редица политически разногласия с NIH и, през 1992 г., той подава оставка.
В допълнение към Нобелова награда, Watson е получила многобройни награди, включително Джон Колинс Уорън награда от Massachusetts General Hospital 1959; Наградата на Eli Lilly в Biochemistry, 1960; Наградата на Американската асоциация за обществено здраве, 1960 Ласкер; на Джон Дж Carty златен медал на Националната академия на науките, 1971; и Президентския медал на свободата, 1977. Той е член на Американската академия за изкуства и науки от 1958 г. насам и на Националната академия на науките от 1962 г.