След получаване бакалавърска степен, Hoffmann влезе Харвардския университет за аспирантура в областта на химията. През 1959 г. той спечели стипендия да присъства на лятната програма в квантова химия в университета в Упсала в Швеция. Там той се срещна Eva Börjesson, за която се жени през 1960 г. През същата година, Hoffmann също получи магистърска степен от Харвард. Hoffmann и съпругата му след това прекарва една година в Съветския съюз, където Hoffmann е обмен на студенти в университета в Москва. По-късно те имат две деца:. Син, Хилел Яну, и една дъщеря, Ингрид Елена
<р> Завръщайки се в Съединените щати през 1961 г., Hoffmann започва да учи теоретичната химия под Уилям Нън Lipscomb, Jr., професор по химия които ще се изразходват за да спечели 1976 Нобелова награда за химия за своите теории химически връзки в борни съединения. Hoffmann направи ранно използване на компютри, за да помогне за решаването на проблеми в органичната химия, изучаването на химически вещества, които съдържат въглерод-въглерод до-облигации. Той описва химични процеси по отношение на облаците на електроните в атомите, участващи. Прилагане на съществуващ принцип нарича правилото за Hückel -which идентифицира броя на електроните в орбита облаци около дадена молекула-Hoffmann използват компютърни програми за изчисляване на електронната структура на борхидриди и многостенни молекули. Hoffmann получил докторска степен степен по теоретична химия от Харвард през 1962
След като получава докторската си степен, Hoffmann получи тригодишна стипендия да продължи изследванията в приложен теоретичната химия в Харвард. През 1964 г. той започва да работи с разграничени органичен химик Робърт Бърнс Уудуърд. Woodward ще спечели Нобелова награда за химия през 1965 г. за приноса му към органичния синтез, химическата дублирането на съединения на въглеродна основа.
<Р> Hoffmann напусна Харвард през 1965 г. да приеме позиция като доцент по химия в университета Корнел в Итака, Ню Йорк. Той продължава работата си с Woodward, обаче. През 1965 г., Woodward молили за помощ Hoffmann след Woodward установи, че определена химич